La Chiesa è una fervente sostenitrice della collaborazione tra confessioni diverse in questioni importanti per tutte le religioni. Gli Scientologist lavorano con i rappresentanti di molte religioni per sostenere e incoraggiare il dialogo interconfessionale, la libertà di religione, le leggi costituzionali al riguardo e il rispetto della religione nella società.
Gli Scientologist hanno lottato attivamente per la libertà religiosa in Europa. In Francia, parecchie migliaia di Scientologist hanno proclamato una “Dichiarazione della libertà di religione” che è stata in seguito approvata dal Consiglio Europeo. In Danimarca, gli Scientologist sono membri attivi del Forum Interconfessionale Danese, una voce esplicita per la libertà religiosa in Scandinavia. In Belgio, la Chiesa di Scientology ha giocato un ruolo chiave nella creazione del Consiglio Europeo dei Movimenti Religiosi, che abbraccia ogni singolo movimento religioso, i cui membri rappresentano le loro rispettive Chiese nell’affrontare le questioni di libertà religiosa.
Le Chiese di Scientology hanno inoltre organizzato molti convegni interreligiosi in Europa e negli Stati Uniti per incoraggiare le religioni a lavorare insieme per la causa della libertà religiosa e della tolleranza. In Russia, gli Scientologist hanno aiutato a organizzare una serie di tavole rotonde di alto livello sul soggetto, alcune in collaborazione con l’Ufficio del Difensore Civico Federale e con l’Accademia Statale Russa delle Scienze.
A seguito dell’11 settembre 2001, giorno del disastro delle Torri Gemelle, la Chiesa di Scientology in Inghilterra ha ospitato una conferenza internazionale dal titolo “Colmare il Vuoto Morale”. Fra i settantacinque partecipanti erano presenti leader religiosi, attivisti dei Diritti Umani e studiosi provenienti da Europa, Asia, Africa, Stati Uniti e Canada.
A Los Angeles ed in altri luoghi, i ministri di Scientology siedono nei consigli ecclesiastici patrocinati dalle forze dell’ordine, tra cui il Dipartimento dello Sceriffo della contea di Los Angeles e il Dipartimento di Polizia di Los Angeles. Questi consigli organizzano manifestazioni sociali, per aiutare i giovani nei ghetti della città a trovare uno scopo e dare un senso alla loro vita.